Thời gian đầu mới thành lập đi vào hoạt động, Quỹ BVMT còn gặp rất nhiều khó khăn vì khung hành lang pháp lý chưa được rõ ràng và đang trong giai đoạn hoàn thiện cơ cấu tổ chức bộ máy hoạt động. Trong năm 2012, UBND tỉnh đã ban hành 09 văn bản pháp lý liên quan nhằm hoàn thiện tổ chức bộ máy điều hành nghiệp vụ, ổn định khung hành lang pháp lý, đồng thời mở rộng lĩnh vực ngành nghề, đối tượng được ưu tiên tiếp cận nguồn hỗ trợ tài chính, tạo tiền đề phát huy hiệu quả nguồn vốn vay ưu đãi trong công tác bảo vệ môi trường.
         Với sự phấn đấu hoàn thành mục tiêu đề ra của tập thể cán bộ viên chức, trong thời gian qua hoạt động của Quỹ đã đạt được một số kết quả nhất định, trình Hội đồng quản lý Quỹ xem xét phê duyệt cho các đơn vị vay vốn với những dự án về xử lý chất thải như: Dự án xử lý nước thải trong chế biến thủy sản, chế biến nông sản, dự án xử lý nước thải của hệ thống cảng cá, nước thải nhà hàng, khách sạn với tổng số tiền giải ngân gần 20 tỷ đồng. Ngoài ra, Quỹ còn tài trợ các chương trình, dự án phòng chống và khắc phục sự cố tràn dầu với tổng kinh phí hỗ trợ là 736,5 triệu đồng. Bên cạnh đó, công tác truyền thông nâng cao nhận thức trong cộng đồng về môi trường luôn được Lãnh đạo Quỹ quan tâm và phối hợp với các cơ quan chức năng tổ chức các chương trình hoạt động tài trợ như: Hoạt động truyền thông trong học đường, tài trợ thùng rác, tài trợ nón áo cổ động, phối hợp với Tỉnh đoàn, Nhà Văn hóa thiếu nhi tỉnh tổ chức các chương trình, hoạt động truyền thông về môi trường với kinh phí hỗ trợ hơn 500 triệu đồng.